L'histoire de Saint-Jean-Pied-de-Port est étroitement liée au passage des pélerins en chemin vers Saint-Jacques-de-Compostelle. Ville-étape créée au XII^e siècle, Saint-Jean-Pied-de-Port doit son nom (qui signifie "au pied du col") à sa proximité du col d'Ibaneta, sur la route de Roncevaux. L'affluence des pèlerins en fit une ville commerçante et hôtelière. Cette position lui donna également un rôle stratégique dans le royaume de Navarre.

Malgré son rattachement à la France, en 1659, les convoitises espagnoles persistantes incitèrent Vauban à y ériger une citadelle imprenable. Celle-ci abrita jusqu'au XVIII^e siècle une garnison importante, forte de 2 000 soldats.

Aujourd'hui le tourisme fait vivre Saint-Jean. On vient admirer ses belles maisons de grès rose, sa citadelle, et c'est ici que l'on trouve les meilleurs gâteaux basques.
L'élevage ovin et le vignoble d'Irouléguy sont au cœur de l'agriculture.
Toutes proches, les montagnes de la Cize regorgent de dolmens et de mégalithes, témoignages d'une occupation humaine remontant à la protohistoire.