La historia de
San Juan Pie de Puerto está estrechamente ligada al paso de peregrinos que se dirigen
hacia Santiago de Compostela. Ciudad-etapa creada en el siglo XII, San Juan Pie de Puerto
debe su nombre (que significa al pie del puerto) a su cercanía con el puerto de Ibaneta,
en la carretera de Roncesvalles. La afluencia de peregrinos la convirtió en ciudad
comerciante y hotelera. Esta posición le permitió desempeñar un papel estratégico en
el reino de Navarra.
A pesar de su unión a Francia en 1659, las persistentes codicias españolas incitaron
a Vauban a levantar en el lugar una ciudadela inatacable. Ésta abrigó hasta el siglo
XVIII una guarnición importante, con una fuerza de 2.000 soldados.